El primer fósil de pterosaurio fue descrito por el naturalista italiano Cosimo Collini en 1784. Collini malinterpretó a su espécimen como una criatura marina que usaba sus largos miembros delanteros como aletas.6 Unos pocos científicos continuaron apoyando la interpretación acuática incluso hasta 1830, cuando el zoólogo alemán Johann Georg Wagler sugirió que Pterodactylus usaba sus alas como aletas.7 Georges Cuvier fue el primero en sugerir que los pterosaurios eran criaturas aéreas en 1801,8 y acuñó el término "Ptero-dactyle" en 1809 para el espécimen recuperado en Alemania.3 Sin embargo, debido a la estandarización de los nombres científicos, el nombre oficial para este género se volvió Pterodactylus, aunque el nombre "pterodáctilo" se volvió popular y se aplicó incorrectamente a todos los miembros de Pterosauria.2 Los paleontólogos ahora evitan usar "pterodáctilo" y prefieren el término "pterosaurio". Ellos relegan el término "pterodáctilo" específicamente para los miembros del género Pterodactyluso más ampliamente para los miembros del suborden Pterodactyloidea.4
Desde que los primeros fósiles de pterosaurios fueron descubiertos en la Caliza de Solnhofen del Jurásico Superior en 1784, solo en estos depósitos se han hallado veintinueve clases de pterosaurios. Un famoso hallazgo del Reino Unido fue un ejemplar de Dimorphodon hecho por Mary Anning, enLyme Regis en 1828. El nombre Pterosauria fue acuñado por Johann Jakob Kaup en 1834, aunque el nombre Ornithosauria (o "aves lagarto", Bonaparte, 1838) fue usado a veces en la literatura científica temprana.[2]
Muchos fósiles de pterosaurio están muy mal preservados. Sus huesos eran huecos y cuando los sedimentos se apilaban sobre ellos, los huesos se aplanaban. Los fósiles mejor preservados provienen de la meseta de Araripe, en Brasil. Por alguna razón, cuando los huesos fueron depositados, los sedimentos encapsulaban a los huesos, en vez de aplastarlos. Esto creó fósiles de tres dimensiones que los paleontólogos pueden estudiar. El primer hallazgo en la meseta de Araripe fue realizado en 1974.
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